清泉小学校の校章は、盾の形をしています。これは、悪から身を守り、悪をさけ、正しく生きていくために必要な心がまえをあらわしています。左上にあるイエス様のみこころと、イエス様のみこころを囲んでいるくさりは、愛そのものでいらっしゃるイエス様を中心として私たちが結ばれていることを表しています。右下の百合の花は、清らかな心を表しています。この百合は、清泉と聖心侍女修道会の頭文字である「S」の形をしています。校章右下の赤色は愛と真心を、左上の白は潔白を表しています。